根據此間媒體於今(2012)年1月3日報導,印尼政府近期所公布之保稅區及保稅倉庫新條例引起企業界領袖的批評,指該條例的效果將可能適得其反。但印尼政府堅持認為,新條例將回復原本工業區促進出口的功能與目標。印尼紡織協會(API)表示,因為搬遷工廠的投資金額相當龐大,該條例要求廠商將面積小於1萬平方公尺的保稅廠區遷移至工業區,將對紡織及成衣製造商造成額外的成本負擔,以纖維紡織產業為例,該條例要求將保稅倉庫貨物出口比例提高至75%應僅適用下游產業,如果產業上游也須適用相同規定的話,將造成下游產業原料短缺;此外,限制非主要程序不得外包的規定可能造成承包廠商難以生存。據統計,每家位於保稅區內的紡織公司會將主要程序外包至5至9家中小型企業,大約有20萬個勞工會受到該條例的影響而失去工作機會。
印尼雇主協會(APINDO)亦持相同觀點,由於將工廠搬遷至保稅區的成本過高,加上目前出口導向企業正面臨全球經濟的不確定性,廠商並不會輕易遷移工廠。而保稅倉庫貨物出口比例提高至75%的措施,與印尼政府鼓勵消費者購買本地廠商所製造商品的政策並不一致,印尼政府應推出促進本地廠商投資的政策,因為本地廠商可創造大量就業機會。另限制外包業務亦將影響數十萬人的生計。印尼鞋類生產商協會(APRISINDO)表示,要求廠商遷移至工業區的過渡期太短,一般製造型企業至少需要5至10年方能遷移廠房,另必須開放外包限制規定,因為外包工作是保稅區廠商不可或缺的配套作業。印尼商工總會(KADIN)指出,遷移工廠的成本過高且可能影響出口表現,印尼政府應提出解決原物料出口監管問題的根本性辦法,僅要求廠商將工廠遷移至工業區內並不能改善該現象。
印尼科學院(LIPI)則表示,問題根源來自於政府成立保稅區的目的與相關措施並不一致,其他國家成立保稅區的主要目的在於推動出口,儘管如此政府並沒有完全強化保稅區的功能,導致保稅區內貨物銷往內需市場,此一現象亦造成保稅區內廠商與區外的廠商不公平競爭的問題。許多位於工業區以外且面積低於1萬平方公尺的保稅工廠正不斷設立,政府此項限制條例雖值得支持,但如何執行監管將一大挑戰,目前約有1,557家分散在全國各地的保稅工廠。